生物科技系成立於民國八十三年，由碩士班開始，成為交通大學第一個生物科技相關的系所。目前生物科技學院有生物科技學系、分子醫學與生物工程研究所、生物資訊與系統生物研究所。

        生物科技產業是二十一世紀的明星產業，全球諸多科技大國皆以政府為首戮力協助該國生物科技產業的發展與生物科技人才的培育。近二十年來，我國亦對生物科技的推展與人才培育極度重視，從1990年的「國家八大科技發展重點」，1996年的「國家兩兆雙星計畫」，到現在多處設立的國家級「生物科技園區」，政府除每年投入大筆經費支援外，並鼓勵大學院校參與新一代生物科技研發人才的培育工作。

        國立交通大學有鑑於此，早在1990年初期，便擬定生物科技為學校未來發展的重點方向，並將結合交通大學已卓越發展的電子、資訊及理工等相關領域之基礎，進行跨領域之生物科技人才培育計畫，以期充分整合生物與工程之科學與研究，達到交通大學成為國際頂尖大學，並擁有一流教學與研究成效之目標。